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引物模板匹配工具
引物模板匹配工具可以用格式化文字的方式將引物映射到模板上，用以展示PCR引物的退火位置。限制性酶切位點及翻譯后的蛋白序列也會展示在結(jié)果中。當(dāng)需要為模板設(shè)計大量引物時，此工具特別有用。此工具支持所有IUPAC字符和多種密碼子表。
輸入原始序列或者1到多條FASTA序列，長度限制在200000以內(nèi)。
>sample sequence cagctggggggaggtggcgaggaagatgacgtggtcgaggtcgacggtatcgagttgtcgcggcagctgccaatacgactcactatagaggagaagtagcaagaaaaataacatgataattatcacgacaactacctggtgatgttgctagtaatattacttgttatttttctcgtcatcttcccggcgacgtcgccagcaacatctttagtgagggttaatcacctgctacttctcccgccacctccc
輸入需要展示的引物信息。形如: (T7) aatacgactcactatag。圓括號是引物的名字, 序列書寫方向5'到3'。多條引物時，需要用逗號隔開。
(reverse) aacagctatgaccatg, (T3) attaaccctcactaaag, (KS) cgaggtcgacggtatcg, (SK) tctagaactagtggatc, (T7) aatacgactcactatag, (-40) gttttcccagtcacgac, (Sp6) atttaggtgacactatag, (M13 for) gtaaaacgacggccagt, (M13 rev) cacacaggaaacagctatgaccat, (BGH rev) tagaaggcacagtcgagg, (pGEX for) ctggcaagccacgtttggtg, (pGEX rev) ggagctgcatgtgtcagagg, (T7-EEV aaggctagagtacttaatacga, (pUC/M13 Forward) gttttcccagtcacgac, (pUC/M13 forward) cgccagggttttcccagtcacgac, (pUC/M13 reverse) caggaaacagctatgac, (pUC/M13 reverse) tcacacaggaaacagctatgac, (Glprimer1) tgtatcttatggtactgtaactg, (GLprimer2) ctttatgtttttggcgtcttcca, (RVprimer3) ctagcaaaataggctgtccc, (RVprimer4) gacgatagtcatgccccgcg, (Lambda gt11 Forward) ggtggcgacgactcctggagcccg, (Lambda gt11 Reverse) ttgacaccagaccaactggtaatg, (Lambda gt10 Forward) cttttgagcaagttcagcctggttaag, (lambda gt10 Reverse) gaggtggcttatgagtatttcttccagggta, (Pinpoint Sequencing) cgtgacgcggtgcagggcg, (pTarget Sequencing) ttacgccaagttatttaggtgaca
* 每行顯示
105
90
75
60
45
30
個堿基。
* 翻譯開始位置
1
2
3
1, 2, and 3
大寫
none
* 使用
standard (1)
vertebrate mitochondrial (2)
yeast mitochondrial (3)
mold mitochondrial (4)
invertebrate mitochondrial (5)
ciliate nuclear (6)
echinoderm mitochondrial (9)
euplotid nuclear (10)
bacterial (11)
alternative yeast nuclear (12)
ascidian mitochondrial (13)
flatworm mitochondrial (14)
Blepharisma macronuclear (15)
chlorophycean mitochondrial (16)
trematode mitochondrial (21)
Scenedesmus obliquus mitochondrial (22)
Thraustochytrium mitochondrial (23)
密碼子表
.
* 限制性酶切位點
展示
不展示
* 序列為
線性
環(huán)形
分子.
* 輸出
彩色
黑白
結(jié)果.
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